Достаточно отчетливо выделяются следующие подэтажи: юрский, берриас-сеноманскин, турон-датский, палеогеновый, неогеновый (без верхнего плиоцена) и верхнеплиоцен-четвертичный.
В первый подэтаж входят нижне-среднеюрский и верхнеюрский, во второй — неокомский и апт-сеноманский структурные ярусы. Третий — турон-датский подэтаж включает в себя одноименный ярус. В четвертый подэтаж входят три структурных яруса: палеоценовый, эоценовый и олигоценовый. Неогеновый и верхнеплиоцен-четвертичный подэтажи совпадают по объему с одноименными ярусами.
Границы между подэтажами выражены региональными или зональными перерывами в осадконакоплении, а между структурными ярусами (внутри подэтажей) — резкой сменой характера осадков, а в отдельных районах—-также и стратиграфическими несогласиями.
Интересно отметить, что границы между подэтажами и отдельными структурными ярусами являются общими не только для Западно-Сибирского бассейна, но и для всей Центральноевразиатской платформы. Они также отчетливо выражены в альпийской складчатой области.
В Копет-Даге, Большом Балхане, Туркмено-Хорасанском мегантиклинории меловые отложения отделены от юрских угловым несогласием. Стратиграфические несогласия между юрой и мелом установлены почти на всей территории Туранской и Скифской плит, а также в Усть-Енисейском и Южно-Ямальском районах Западно-Сибирского бассейна.
В Туркменском сегменте Альпийской складчатой области фиксируется стратиграфическое несогласие в основании датского яруса, которое служит разделом верхнемелового и палеогенового подэтажей. Стратиграфические несогласия на границе мела и палеогена установлены во многих частях Туранской, Скифской и Западно-Сибирской плит.
Неогеновые и четвертичные отложения образуют в Копет-Даге орогенный молассовый комплекс, отделенный от палеогеновых образований резким угловым несогласием. Внутри этого орогенного комплекса обособляются нижнемиоценовый, среднемиоцен-плиоценовый и антрологеновый подэтажи [21, 90].
В ряде районов Средней Азии и Предкавказья отмечается налегание среднемиоценовых осадков на размытую поверхность палеогеновых и меловых толщ. В Западной Сибири происходила резкая перестройка тектонического плана на границе палеогенового и неогенового периодов.